Holokaust zarówno dzieci żydowskich, jak i polskich, był tak samo potworną zbrodnią wojenną. Za tę tezę prof. Richard C. Lukas był i nagradzany, i piętnowany.

W swojej książce opisuje wojenne losy dzieci polskich i żydowskich. Bazując na zebranych świadectwach oraz zestawiając fakty i statystyki, ukazuje tragiczny los młodych ludzi tak samo skazanych na eksterminację. Może z innych przyczyn, może realizowaną inaczej, ale zdecydowanie w jednym celu: likwidacji perspektyw rozwoju narodu - tak żydowskiego, jak polskiego.
W kolejnych rozdziałach przygląda się rozmaitym aspektom życia dzieci podczas wojny: w trakcie niemieckiej napaści, podczas deportacji, w obozach koncentracyjnych, poddanych germanizacji, działających w ruchu oporu, ukrywających się. Na koniec proponuje swoiste rozliczenie z postwojennej perspektywy.
Równie wstrząsające są dalsze losy "wojennych" dzieci. Wiele z nich zostało bardzo okaleczonych - przez trudne doświadczenia, utratę domu, bliskich, ale też przez pranie mózgu w ramach germanizacji. Po wojnie musiały odnaleźć się w zupełnie nowej rzeczywistości komunistycznej Polski czy uwarunkowań emigracji.

Od 1936 roku Niemcy wdrażali politykę Lebensborn, czyli "źródło życia". Zakładali ośrodki dla kobiet i dzieci, gdzie wychowywano idealnych aryjczyków. Sekretny dom opowiada o jednym z takich miejsc.Gdy oczekująca narodzin dziecka Ruth staje przed monumentalnym budynkiem dawnego szpitala w Kunzendorfie, ma głowę i serce przepełnione ideami, które wpajano jej od kołyski. Wierzy w Trzecią Rzeszę i z dumą przyjmuje zadanie, jakie Himmler i Hitler wyznaczyli niemieckim kobietom. Chce urodzić dziecko i pomóc w wychowaniu kolejnego pokolenia aryjskich wojowników.Tygodnie spędzone w domu matek weryfikują jej wyobrażenia. Poznaje Tobiasa Krausa, syna naczelnika miejscowego biura NSDAP, i odkrywa mroczną stronę programu Lebensborn, w który tak mocno wierzyła.Czy w Kunzendorfie znajdzie upragniony spokój? Jakie tajemnice kryją mury ośrodka Lebensborn?